特例有限会社とは
平成17年の会社法制定により株式会社の機関設計が柔軟化され、有限会社の必要性が乏しくなったため有限会社法が廃止されました。
これにより会社法施行以降は有限会社を新規に設立することや、有限会社への組織変更はできなくなりました。
また、今まで存在していた有限会社は、株式会社へ組織変更する必要があります。
しかし、有限会社を一度に消滅させると不都合なことも多く、有限会社の利点を享受したい会社も多々あるため、有限会社の名称を残しつつ実質的に今までの有限会社の地位を継続できるよう「会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律」（以下、整備法）を会社法の特例として規定することにより、もともとある有限会社の存続を認めています（会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律２条１項）。
この実質的に有限会社の地位を継続した会社のことを「特例有限会社」といい、有限会社の商号をもったまま「株式会社」として期間の制限なく存続することを認めたのです。
なお、「特例有限会社」は、会社法の下での株式会社ですが、最初から株式会社として設立した株式会社とは異なる存在であるため商号に「有限会社」の文字を使うことが強制され、「株式会社」、「合名会社」、「合資会社」又は「合同会社」といった文字を使用することが禁止されています（整備法３条１項、２項）。
特例有限会社の特徴～株式会社との違い
特例有限会社の主な特徴、株式会社との違いは下記のようになります。
・旧有限会社の定款、社員、持分及び出資一口は、特例有限会社では株式会社のそれぞれと同じく、定款、株主、株式、一株となります（整備法２条２項）。
・特例有限会社の発行可能株式総数、発行済株式総数は、旧有限会社の資本総額を出資一口の金額で除したものになります（整備法２条３項）。
・特例有限会社は既存の株主間の株式譲渡は自由にできますが、既存の株主以外に株式を譲渡するには会社の承認が必要です。少人数による閉鎖会社の特徴を維持するため、定款によっても会社の承認を不要とすることはできません（整備法９条）。
・旧有限会社において議決権、配当、残余財産の分配につき出資の数に応じた権利を有するものとしていない場合は、特例有限会社においてもそのような株式を発行する会社とされます（整備法10条）。
・特例有限会社の株主総会の普通決議要件は、定款に別段の定めがある場合を除き、議決権を行使することができる株主の議決権の過半数を持つ株主が出席し、出席した当該株主の議決権の過半数になります。普通決議要件は株式会社と同じですが、特例有限会社の株主総会の特別決議の要件は、総株主の人数の半数以上（これを上回る割合を定款で定めた場合にあっては、その割合以上）であって、当該株主の議決権の四分の三以上になります（整備法14条３項）。
・特例有限会社に設置できる機関は、株主総会、取締役、監査役です。取締役会、会計参与、監査役会、会計監査人、監査等委員会、指名委員会等は設置できません（整備法17条）。
・特例有限会社においては取締役、監査役の任期に制限がありません（整備法18条）。
・特例有限会社が定款で監査役を置く旨の定めをした場合の監査役の任務は会計監査に限定されます（整備法24条）。
特例有限会社のメリット
・有限会社の新設ができなくなりましたので、社名に有限会社の商号がついているだけで設立間もない会社ではなく平成18年４月以前からある会社と認識され、営業面での信用が得られます。
また、有限会社の設立には最低300万円の資本金が必要でしたが、会社法施行後は株式会社であっても設立時の最低資本金は１円となりました（登記手数料等が必要ですので実際は１円で会社設立はできません）。よって株式会社より特例有限会社の方が財務的にしっかりしている可能性があり、財務面での信用力が得られます。
さらに、経営上のメリットにどこまでなるかわかりませんが、旧有限会社の全てが特例有限会社にならず、組織変更で株式会社になる旧有限会社もありますので、有限会社というだけで希少価値を感じさせます。
・社名変更が不要ですので、登記や表札、広告、ホームページ、社名入り封筒、名刺、販促品、製品箱、印鑑、ロゴなどの修正、商号変更による銀行、得意先などへの通知が不要なため余分なコストがかかりません。
・株式会社は取締役、監査役の任期は最長でも10年です（会社法332条２項、336条２項）が、有限会社には取締役、監査役の任期の制限がありません（整備法18条）。役員は登記事項ですので、任期満了による変更登記の必要がなくなり、登記コストがかかりません。
・株式会社には決算公告義務があります（会社法440条）が、有限会社には決算公告義務がありません（整備法28条）ので、公告コストがかかりません。
・株式会社は各事業年度に係る計算書類及び事業報告並びにこれらの附属明細書を支店に備えおく必要があります（会社法442条２項）が、有限会社には備え置く義務がありません（整備法28条）ので、余計な業務が削減できます。
・株式会社においては会社法上の大会社（資本金５億円以上または負債の合計が200億円以上）は会計監査人（公認会計士又は監査法人）の設置が義務づけられ、また会計監査人設置会社は監査役の設置が義務付けられますが、特例有限会社は大会社であっても会計監査人、監査役の設置が強制されません。
特例有限会社が大会社になることは稀かもしれませんが、大会社になっても会計監査人の監査が不要ですので監査のコストがかかりません。
・会社法472条の休眠会社のみなし解散に関する規定が適用されません（整備法32条）。
休眠会社（株式会社で登記が最後にあった日から12年を経過した会社）について12年が基準となっているのは、役員の任期の最大が10年となっているため、少なくとも10年に１度は登記が発生するからですが、特例有限会社の役員の任期は無制限ですのでみなし解散規定の対象外になっているようです。
特例有限会社のデメリット
・取締役会、会計参与、監査役会、会計監査人、監査等委員会、指名委員会等は設置できません（整備法17条）ので、規模の大きな会社にすることができません。取引先からの信用、良い人材の獲得がしにくいです。
・株式会社においては、株式譲渡につき制限のある株式を譲渡するには株主総会または取締役会の承認が必要ですが、特例有限会社においては株主以外の者に株式を譲渡するには会社の承認を必要としますが、株主間の株式譲渡は自由にできます（整備法９条）。
これは、閉鎖会社の特徴を維持する規定ですが、オーナー株主以外に少数株主が複数いる場合で、オーナー株主が過半数の議決権を持たない場合、少数株主が結託し、会社の経営を乗っ取ることが可能になります。
このような恐れがある場合は、株式会社へ移行したほうが無難です。
・有限会社を存続会社とする吸収合併、有限会社を承継会社とする吸収分割はできません（整備法37条）。
また、有限会社は株式交換、株式移転ができません。（整備法38条）
特例有限会社から株式会社への組織変更・移行
上記のように会社法施行前の旧有限会社は特例有限会社としてメリットを享受しながら会社法の下でも事業を継続していけます。
一方で、デメリットもありますので株式会社への組織変更が認められています。
なお、特例有限会社から株式会社への移行後は再度、特例有限会社に戻ることができません。
また、株式会社は機関の構成や取締役の任期など有限会社と異なる部分も多々あり、公開会社（非公開会社以外の会社）か非公開会社（全ての種類の株式の譲渡について会社の承認を必要とする会社）かで機関設定の自由度や資金調達の可能性等も異なりますので、組織変更だけでなく、株式会社をどのような仕組みにするかについても慎重に検討する必要があります。
※特例有限会社から株式会社への移行は現在の会社法上は有限会社から株式会社への組織変更ではなく、定款変更による商号変更とされています。
そのため、特例有限会社が債務超過会社であっても株式会社への移行は可能です。
特例有限会社から株式会社への組織変更・移行手続き
特例有限会社から株式会社への移行手続きは下記の順になります（整備法45条、46条）。
①株式会社用の定款案作成
②株主総会を招集
③①で作成した定款承認のための株主総会特別決議
④役員の選任（役員任期が切れる場合や入れ代わりがある場合）
⑤本店所在地を管轄する法務局での株式会社の設立登記、特例有限会社の解散登記
①株式会社用の定款案作成
「有限会社ニッポン」から「株式会社ニッポン」など、「株式会社」という文字を使った会社名へ変更するための定款変更案を作成します。
（移行時に「有限会社ニッポン」から「トーキョー株式会社」への変更など会社名ごと変えてしまうこともできます。これは特例有限会社から株式会社への変更は、移行といえども特例有限会社を解散し、株式会社を新設する手続きをとるためです。）
なお、ここでの定款変更は株式会社設立時の定款変更ではないため、定款に対する公証役場での認証は不要です。
②株主総会を招集
取締役が株主総会の招集を決定します。
③①で作成した定款承認のための株主総会特別決議
株式会社で定款を変更するためには株主総会特別決議が必要で、定款変更の特別決議の要件は「当該株主総会において議決権を行使することができる株主の議決権の過半数（３分の１以上の割合を定款で定めた場合は、その割合以上）を持つ株主が出席し、出席した当該株主の議決権の３分の２（これを上回る割合を定款で定めた場合は、その割合）以上に当たる多数をもって行わなければならない。」（会社法309条２項11号）となっています。
一方、特例有限会社での定款変更のための特別決議は「総株主の半数以上（これを上回る割合を定款で定めた場合にあっては、その割合以上）が出席し、当該株主の議決権の４分の３以上に当たる多数をもって行わなければならない。」（整備法14条３項）となっており、要件が株式会社とは異なっています。
④役員の選任（役員任期が切れる場合や入れ代わりがある場合）
特例有限会社の役員がそのまま株式会社の役員となる場合は、原則として役員を再任する必要がありません。
しかし、株式会社には役員の任期を定める必要があり、特例有限会社のように役員の任期が無制限ではありません。
そのため株式会社への移行に際し役員の任期を定める必要があります。
ここでの注意点として、株式会社における最初の役員の任期の起算には、有限会社時代の役員の就任時期が関係することです。
すなわち、株式会社への移行時に特例有限会社での役員としての就任期間が、定款変更で決めた株式会社の役員の任期期間を超えた場合は、当該役員は株式会社への組織変更と同時に任期満了となります。よってこの場合には、商号変更の株主総会とともに、役員選任または再任の株主総会決議が必要となります。
具体的には、特例有限会社の取締役を３年した場合で、新規の株式会社の取締役の任期を２年とした場合は、２年以上特例有限会社の取締役をしているため、従来の有限会社での役員が引き続き株式会社の役員をする場合は、新しい株式会社になる際に当該役員を再任する必要があります。
また、株式会社の取締役の任期を２年とした場合で、株式会社への移行前に有限会社の取締役を２年と360日していた場合などは、株式会社への移行時は任期満了にならなくても、移行直後に任期満了となります。
さらに、株式会社への移行の株主総会決議の日に、特例有限会社の役員が旧有限会社での役員時代含め就任日から10年以上経過している場合は、株式会社への移行の株主総会決議により、一旦、任期満了により退任することになります。
この場合、株式会社への移行を決議する株主総会で、移行後の株式会社の役員を選任します。
（同じ人が役員になる場合でも、一旦、任期満了により退任し、総会で新たに就任（重任（再任））する形をとります。）
なお、役員を選任、再任する株主総会の決議は、通常の普通決議と異なり、「議決権を行使することができる株主の議決権の過半数（３分の１以上の割合を定款で定めた場合は、その割合以上）を持つ株主が出席し、出席した当該株主の議決権の過半数（これを上回る割合を定款で定めた場合にあっては、その割合以上）が必要」（会社法341条）とされています。
※株式会社での役員の任期
原則
取締役：選任後２年以内に終了する事業年度のうち最後の定時株主総会まで。ただし、定款又は株主総会の決議によって、その任期を短縮することができます。（会社法332条１項）
監査役：選任後４年以内に終了する事業年度のうち最終の定時株主総会の終結の時まで。（会社法336条１項）
例外
取締役：非公開の株式会社（監査等委員会設置会社及び指名委員会等設置会社を除く。）は、定款によって、任期を最長10年まで伸ばすことができます。（会社法332条２項）
監査役：非公開の株式会社は、定款によって、任期を最長10年まで伸ばすことができます。（会社法336条２項）
非公開の会社（非公開会社）：定款上、全ての種類の株式の譲渡について株式発行会社の承認を必要とする会社。
公開会社：会社が発行する株式の全部または一部の譲渡に会社の承認を必要としない（譲渡自由）場合の当該株式発行会社。
⑤本店所在地を管轄する法務局での株式会社の設立登記、特例有限会社の解散登記
定款変更に関する株主総会決議後、本店においては２週間以内に、支店においては３週間以内に、特例有限会社については解散の登記をし、商号変更後の株式会社については設立の登記をする必要があります。（整備法46条）
なお、株式会社への組織変更時に法務局に有限会社の法人実印から株式会社の商号の入った法人実印への改印届けが必要になります。
当然ですが、これにより印鑑カードも新しい株式会社のものに変更されます。
特例有限会社から株式会社への移行と同時にできる変更
①「株式会社」以外の部分の社名の変更
②役員の変更
③役員の任期の設定
④事業目的の変更
⑤機関設計（取締役会、会計参与、監査役会、会計監査人、監査等委員会、指名委員会等など）
⑥発行可能株式総数の変更
⑦増資（資金の払い込みによる株式発行のほか準備金、剰余金の資本組み入れ含む）
など
株式会社への移行により機関設計など会社の仕組みの選択肢が増えますが、定款や登記事項の変更は時間もコストもかかります。
移行後の株式会社の仕組みをどのようにしたいかを再確認し、手続きはできる限り同時にした方が時間もコストも効率的です。
（「解散」「設立」「資本金の増加」以外の変更は、移行登記と同時にする場合は、別途の登録免許税はかかりません。）
特例有限会社から株式会社への移行と同時に行う増資方法
特例有限会社から株式会社へ移行する際に増資することが必ず要求されるわけではありませんが、近々、資金調達の必要性や信用力のアップのために、増資を視野に入れている場合などは株式会社への移行と同時に増資することにより余計な時間やコストが削減できます。
ここで気を付けなければいけない点が一点あります。
株式会社への移行は登記によりその効力が生じます（整備法46条）が、増資は払込期日に効力が生じる（会社法209条１項１号）ということです。
（払い込みの期間を定めた場合には、出資の履行日が効力発生日になります。（会社法209条１項２号））
移行による株式会社の設立登記においては、移行登記の時に効力の生じる事項は、原則として、移行による設立登記の登記すべき事項とすることができるとされています。
すなわち、「効力発生日が同一日であれば、登記事項の変更は、変更後の事項を株式会社の設立の登記申請書に直接記載できます。」が、設立の効力発生日と異なる事項は同一申請できないのです。
よって、株式会社への移行と増資を同時に行うためには、増資の払込期日を移行日と同じ日にする必要があります。
特例有限会社から株式会社への移行と同時にできない変更
①本店移転の登記
②支店設置の登記
③支店移転の登記
④支店廃止の登記
①本店移転の登記
移行による設立登記においては、「会社成立の年月日」、「特例有限会社の商号並びに商号を変更した旨及びその年月日」が登記されます（整備法136条19項）が、特例有限会社の本店は登記されません。
そのため株式会社の登記事項証明書（商業登記簿謄本）に移転後の本店が直接記載されると、当該登記事項証明書と移行前の特例有限会社の登記事項証明書がつながらなくなり、連続性を確認できないといった公示上の問題のためのようです。
よって、本店移転と、移行の登記はタイミングを分けて登記申請書を提出することになります。
本店移転登記のタイミングとしては、
a．特例有限会社の状態で本店移転をする
か、
b．株式会社へ移行してから本店移転をする
のいずれかになります。
特例有限会社の状態で本店移転をした場合、特例有限会社の登記事項証明書には 本店移転の履歴が記載されますが、移行後の株式会社の登記事項証明書には、本店移転の履歴は記載されません。
一方、株式会社へ移行してから本店移転をした場合、特例有限会社の登記事項証明書には本店移転の履歴が記載されませんが、 移行後の株式会社の登記事項証明書には、本店移転の履歴が記載されます。
いずれを選択するかは、状況に応じて判断する必要がありますが、登記事項証明書は公的機関や金融機関などに提出するものですので司法書士さん等と相談することをお勧めします。
②支店設置の登記（本店と同じ登記所管轄区域、既にある他の支店と同じ登記所の管轄区域への設置除く）
「特例有限会社が株式会社へ移行する際の特例有限会社の解散登記の申請と株式会社の設立登記の申請は、同時にしなければならない。（整備法136条21号）」とあります。
本店や既にある支店の登記所の管轄区域以外に新しく支店を設置する場合は、その区域を管轄する登記所に特例有限会社の既存の登記がありませんので、新たな支店の所在地において「解散登記」ができず、整備法の規定に反するからです。
③支店移転の登記（同一の登記所管轄区域内への移転除く）
移転する支店を今まで管轄していた登記所において、特例有限会社の登記を閉鎖するため、整備法136条21号にある「株式会社の設立登記と特例有限会社の解散登記を同時にする」ことができず、整備法の規定に反するからです。
また、特例有限会社の登記記録の無い管轄区域への支店移転は、新しい登記所の管轄区域で株式会社新設の登記はできますが、特例有限会社の登記記録がありませんので解散登記ができません。このことも株式会社の設立登記と特例有限会社の解散登記を同時にすることを要求する整備法136条21号に反します。
④支店廃止の登記（本店や他の支店と同じ登記所の管轄区域内での廃止除く）
支店廃止も、③の支店移転と同じく、廃止する支店を今まで管轄していた登記所において、特例有限会社の登記を閉鎖するため、整備法136条21号にある「株式会社の設立登記と特例有限会社の解散登記を同時にする」ことができず、整備法の規定に反するからです。
特例有限会社から株式会社への移行による法人税法上の決算期
“法人が会社法その他の法令の規定によりその組織又は種類の変更（以下「組織変更等」という。）をして他の組織又は種類の法人となった場合には、組織変更等前の法人の解散の登記、組織変更等後の法人の設立の登記にかかわらず、当該法人の事業年度は、その組織変更等によっては区分されず継続することに留意する。
旧有限会社（会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律第２条に規定する旧有限会社をいう。）が、同法第45条《株式会社への商号変更》の規定により株式会社へ商号を変更した場合についても、同様とする。“（法人税法基本通達１-２-２）
すなわち、事業年度の途中で特例有限会社から株式会社へ組織が変わっても、事業年度は継続しているものと取り扱われ、会社の決算に影響することは無く、確定申告も解散時にする必要はなく、従来の決算期に確定申告すれば足ります。
これは、特例有限会社から株式会社への移行手続きは、特例有限会社の解散登記及び株式会社の設立登記が必要ですが、これらの手続きは登記の技術上の問題で、会社自体は登記により人格が変わるものではなく、また会社法上も移行により事業年度を区切ることとしていないためです。
なお、組織変更により商号の変更は起こりますので、異動後速やかに下記の「移動届出書」を納税地の所轄の税務署長に提出する必要があります。
特例有限会社から株式会社への移行費用
①特例有限会社の解散登記：３万円
②株式会社の新設登記：資本金額×0.15％ 最低３万円
③支店がある場合は、支店所在地において、それぞれ９千円
④増資を伴う場合：増資額×0.7％
①～④の合計になります。
なお、上記の金額には司法書士の手数料、印鑑作成費用、印鑑登録手数料、移行後株式会社の登記簿謄本や印鑑証明の取得手数料等は含まれていませんが、必ずかかる費用になります。